Scientific MOOCs follower. Author of Airpocalypse, a techno-medical thriller (Out Summer 2017)


Welcome to the digital era of biology (and to this modest blog I started in early 2005).

To cure many diseases, like cancer or cystic fibrosis, we will need to target genes (mutations, for ex.), not organs! I am convinced that the future of replacement medicine (organ transplant) is genomics (the science of the human genome). In 10 years we will be replacing (modifying) genes; not organs!


Anticipating the $100 genome era and the P4™ medicine revolution. P4 Medicine (Predictive, Personalized, Preventive, & Participatory): Catalyzing a Revolution from Reactive to Proactive Medicine.


I am an early adopter of scientific MOOCs. I've earned myself four MIT digital diplomas: 7.00x, 7.28x1, 7.28.x2 and 7QBWx. Instructor of 7.00x: Eric Lander PhD.

Upcoming books: Airpocalypse, a medical thriller (action taking place in Beijing) 2017; Jesus CRISPR Superstar, a sci-fi -- French title: La Passion du CRISPR (2018).

I love Genomics. Would you rather donate your data, or... your vital organs? Imagine all the people sharing their data...

Audio files on this blog are Windows files ; if you have a Mac, you might want to use VLC (http://www.videolan.org) to read them.

Concernant les fichiers son ou audio (audio files) sur ce blog : ce sont des fichiers Windows ; pour les lire sur Mac, il faut les ouvrir avec VLC (http://www.videolan.org).


This Is Genomic Entertainment

After a meeting with the film production company i work with in Taiwan last week, we decided i would try some kind of "genomic entertainment" on twitter, around the idea of Sheldon Cooper (Big Bang Theory) speaking about the "Three Body Trilogy" by Chinese sci-fi author Cixin Liu. Building bridges between cultures (and continents), although i must confess i'm not quite sure where this is going ;-) This is the sequel to my blog post: Migrating My Bank To My Genome, and What Happened On The Way

https://fr.pinterest.com/pin/331366485053786094
https://twitter.com/eperlste

















Wait. Did i just get retweeted by the one and only Sheldon Cooper?



This is genomic entertainment, by Sheldon Cooper ;-)




https://www.walldevil.com/423768-sheldon-and-leonard-caricature-wallpaper.html


Big Bang Theory






http://www.fbcoverlover.com/categories/tags/The_Big_Bang_Theory



http://www.fanpop.com/clubs/penny-and-sheldon/images/26745549/title/kiss-photo







http://www.sickchirpse.com/the-fall-of-geekdom





http://sheldoncooper.org/sheldon-cooper-and-penny





http://www.cbs.com/shows/big_bang_theory/photos/1003555/8-surprises-the-big-bang-theory-s-sheldon-cooper-might-actually-like-for-his-birthday/75945/a-fun-with-flags-tribute-dvd

Migrating My Bank To My Genome (and what happened on the way)






























Welcome. I'm the author of Airpocalypse, a medical thriller (2017)

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Airpocalypse, roman techno-mĂ©dical. Version française en cours de prĂ©paration. Illustrations par Florence Cartozo Catherine Coste Patrick Merel

This was the early prototype, made one year ago, for the Airpocalypse project. A medical thriller, action taking place in Beijing, where i spent 3 years, on and off... Also, took a few Chinese language lessons ;-)
Today, i am finalizing the book. A film production company based in Taiwan is interested in the book. Movie and musical (Les Miz, made by China!) are currently under preparation...

You can find me on twitter...




... and on LinkedIn








Airpocalypse, a medical thriller - Un roman techno-médical


Airpocalypse tells the story of U.S. & Chinese efforts to prevent the merger of two silos: well-funded terrorist organization Daesh & organ trafficking in Xinjiang, a Muslim Chinese province. French, English and Chinese (Taiwan) versions will be out in 2017-2018.

Airpocalypse raconte les efforts communs dĂ©ployĂ©s par les USA et la Chine pour empĂȘcher la fusion de deux silos : l'organisation terroriste Daesh, richement financĂ©e, et le trafic d'organes dans le Xinjiang, une province musulmane chinoise.






Lenoir: "Il paraĂźt que ce sont les services secrets chinois qui gouvernent en CorĂ©e du Nord, non l'Etat Parti chinois, encore moins les USA. On m'aurait dit qu'on m'invitait en Chine pour prĂ©lever des coeurs sur des TibĂ©tains Ă  des fins de transplantation, je me serais mĂ©fiĂ©, aurais prĂ©textĂ© un rendez-vous chez le dentiste. Mais sur des ressortissants du Xinjiang, province musulmane Chinoise, ou des adeptes du yoga, ces Falun Gong dont personne n'a entendu parler mais qui paraĂźt-il sont l'ennemi public numĂ©ro un des autoritĂ©s chinoises ?! Et voilĂ  que Kim Jong-un cherche Ă  fricoter avec Daesh, voisin immĂ©diat du Xinjiang. Le gouvernement chinois craint une contamination par Daesh via la CorĂ©e du Nord. Sans parler des ex-rĂ©publiques soviĂ©tiques, oĂč tous les signaux sont au rouge. Quand j'ai fait mes Ă©tudes de mĂ©decine, on nous fournissait un scalpel ; pas une mappemonde …"

Lenoir: "It seems that the Chinese secret services govern North Korea, not the Chinese Party, let alone the US. Had they told me that I was invited to China to harvest hearts from Tibetans, I would have given my annual dental check-up as an excuse. Now, instead of Tibet, how about Xinjiang, a Chinese Muslim province, or some yoga followers from this Falun Gong sect no one has heard of, but they are supposed to be the N°1 public enemy of Chinese officials ?! And now Kim Jong-un is trying to mess with Daesh, whose territory is located right next to Xinjiang. Hence Chinese authorities are fearing contamination by Daesh via North Korea, not to mention the former Soviet republics, where all the alarm bells are ringing. When I studied medicine, we were provided with a scalpel; not a world map ..."


This is material under copyright. Ce matĂ©riel est sous copyright. 
Author: Catherine Coste
Auteur : Catherine Coste

The “Impatient Patient” is Geopolitics, and it “Will See You Now”

https://medium.com/@cathcoste/the-impatient-patient-is-geopolitics-and-it-will-see-you-now-ebf9d8974b90#.3ozd2fsvs
Further reading (French)

https://medium.com/@cathcoste

Le VRAI dépistage du cancer en France reste une zone interdite

http://photo.gala.fr/elise-lucet-ophelie-meunier-le-mercato-tele-de-la-rentree-17872#elise-lucet-quitte-le-jt-de-13h-sur-france-2-et-prend-la-tete-d-une-emission-quinzomadaire-le-jeudi-soir-321252
Je me doute que la pauvre Elise a fort Ă  faire avec la politique en ce moment, mais la peur n'Ă©vitant pas le danger (autocraties plus populisme contre nos dĂ©mocraties fatiguĂ©es), voici un petit topo utile si elle veut dĂ©marrer son documentaire, ou juste se renseigner. Lui ai donc transmis ce qui suit via la plateforme de microblogging twitter ... 

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Q. : Le cancer est une maladie des gĂšnes. Notre gĂ©nome se « reproduit » et fait des erreurs de copie, qui peuvent dĂ©clencher des maladies, dont le cancer. On parle beaucoup dans les milieux scientifiques amĂ©ricains de tests de biopsie liquide (liquid biopsy en anglais) pour dĂ©pister un cancer qui dĂ©marrerait. Ce test a Ă©tĂ© approuvĂ© par la FDA, pourtant en France, c’est le vide sidĂ©ral. Vous qui ĂȘtes biologiste travaillant en Californie, pourriez-vous Ă©clairer ma lanterne ? Je note que dans Wikipedia, il n’y a pas d’entrĂ©e pour biopsie liquide, en revanche voici ce qui est dit en anglais :
« A liquid biopsy, also known as fluid biopsy or fluid phase biopsy, is the sampling and analysis of non-solid biological tissue, primarily blood. Like traditional biopsy this type of technique is mainly used as a diagnostic and monitoring tool for diseases such as cancer, with the added benefit of being largely non-invasive.
Although a liquid biopsy of circulating tumor cells has been validated and approved by the FDA as a useful prognostic method for various types of cancer, its clinical implementation is not yet widespread. »
Réponse :
Ce test fait en fait partie d’une batterie de tests qui sont aujourd’hui proposĂ©s aux patients/patientes dans de nombreux pays, mais encore trĂšs rarement en France, ou si peu.
Il y a les tests génétiques de prédisposition à différents types de cancer (cancer risk panels), les test de profilage de tumeurs cancéreuses (genomic tumour profile) et les tests de suivi par biopsie liquide (liquid biopsy) dont certains sont maintenant considérés comme outils de dépistage précoce.
« - Pour ce qui est d’un cancer risk panel, c’est en gĂ©nĂ©ral une 20aine de gĂšnes qui sont testĂ©s pour la susceptibilitĂ© Ă  certains cancer. AmbryGenetics, Myriad, font ça, c’est facturĂ© $3000 ici (Californie). Tiens je note que Ambry est passĂ© Ă  67 gĂšnes :
Les tests gĂ©nomiques de profilage de tumeurs rapportent les mutations possibles que l’on trouve dans les cellules tumorales, ils Ă©tudient en gĂ©nĂ©ral 200 Ă  300 gĂšnes, et permettent de proposer au patient un traitement spĂ©cifique pour son type de cancer. Les laboratoires faisant ce type de tests sont dĂ©jĂ  nombreux aux USA (et ailleurs, sauf en France, d’oĂč le plan Marisol Touraine), et un des leaders sur ce marchĂ© s’appelle Foundation Medicine, ils facturent leur test entre $6000 et $10.000.
Les tests gĂ©nomiques faits sur biopsie liquide recherchent dans le sang les traces possibles de cellules cancĂ©reuses qui referaient leur apparition lors d’une rechute ou d’un traitement inefficace chez un patient. La sensibilitĂ© des technologies de sĂ©quençage du gĂ©nome est telle qu’un nombre infime d’ADN tumorale peut ĂȘtre ainsi dĂ©tectĂ©, les gĂšnes mutĂ©s identifiĂ©s, le traitement ajustĂ©, ou le diagnostic prĂ©cisĂ©. L’industrie du diagnostic molĂ©culaire aux USA est en plein essor dans ce domaine, car il peut rĂ©volutionner la mĂ©decine prĂ©dictive.
Rare sont ceux qui font ça en Europe, OncoDNA en Belgique est un des rares Ă  s’y ĂȘtre intĂ©ressĂ© depuis longtemps, et Ă  offrir ce type de test partout. (pour info Jeanpol Defitte, le founder de OnocDNA, Ă©tait aussi le founder de DNAvision, rachetĂ© par Laurent Alexandre).

Un cancer qui aurait démarré, effectivement une biopsie liquide nouvelle génération pourrait détecter du DNA tumoral (avec mutations).
En France beaucoup d’oncologues ne savent mĂȘme pas que cela existe. Mais c’est le type de test que fait OncoDNA en Belgique. Donc c'est Ă  eux qu'il faudrait s'adresser … »
En France, le 1er type de tests n’est jamais proposĂ© de facto aux femmes. Il faut qu’elles aient un historique familial lourd, pour que leur mĂ©decin « daigne » leur suggĂ©rer.
Comment faire quand on n’a plus sa mĂšre, ou bien qu’on a jamais pu parler de ça avec sa propre famille, orpheline?
Il semblerait logique que dans ces conditions une femme puisse se faire faire d’elle-mĂȘme le test. Non, ceci est interdit en France et punissable par la loi.
VoilĂ  comment on perçoit la mĂ©decine prĂ©dictive en France. Il faut donc obtenir un RDV avec un gĂ©nĂ©ticien français, qu’il Ă©coute votre histoire, et qu’il accepte d’ordonner un test gĂ©nĂ©tique. ExpĂ©rience vĂ©cue (voir plus loin): il faut jusqu’Ă  12 mois en France pour obtenir un RDV avec un gĂ©nĂ©ticien hospitalier, et ensuite jusqu’Ă  12 mois pour obtenir les rĂ©sultats (pour un test qui peut ĂȘtre fait dans les 48h!!!).
Pour les 2iĂšme et 3iĂšme types de tests, peu d’oncologues ont connaissance de ces types de tests, et ils ne connaissent nullement l’offre du marchĂ©, puisque essentiellement basĂ©e Ă  l’Ă©tranger.
Et j’apprends aujourd’hui la naissance de boite comme Traaser en France qui veut analyser des gĂ©nomes entiers. On est un peu Ă  cĂŽtĂ© de la plaque en France. Essayons d’abord de fournir aux patients des tests gĂ©nĂ©tiques en 24h, et aprĂšs on passera au gĂ©nome. Euh, en fait, on verra ca en Chine ou aux US, bien avant que la France ait rattrapĂ© son retard. http://www.traaser.net"

Les mammographies conduisent Ă  beaucoup de suspicions de cancer qui sont infondĂ©es, et entraĂźnent soins invasifs et dĂ©gĂąts psychologiques nuisant gravement Ă  la santĂ©, d’aprĂšs le leader d’opinion dans le milieu mĂ©dical amĂ©ricain, le cardiologue Eric Topol, auteur du best-seller non traduit en français : « The Patient Will See You Now ». La mammographie ne rĂ©duirait en rien la mortalitĂ© dans le cas du cancer du sein. Dans ce contexte alarmant, les patientes risquent de se tourner vers la biopsie liquide, examen bien plus prĂ©cis que la mammographie, surnommĂ©e chez les gĂ©nĂ©ticiens amĂ©ricains « la machine Ă  faux positifs ». Un faux positif est une suspicion de cancer alors qu’en rĂ©alitĂ© il n’y a rien. 

Dr Eric Topol : « Sur 1.000 femmes de plus de 50 ans soumises Ă  une mammographie annuelle, 5 en tireront un rĂ©el bĂ©nĂ©fice tandis que 600 subiront un prĂ©judice , liĂ© Ă  un diagnostic que l’on peut qualifier de ‘faux positif’ : suspicion de cancer, qui s’avĂ©rera inexacte ou infondĂ©e, mais qui entraĂźnera pour la patiente biopsies Ă  rĂ©pĂ©tition, scans, radiations, intervention(s) chirurgicale(s), dĂ©gĂąts Ă©motionnels. » La mammographie devrait ĂȘtre faite suite Ă  un dĂ©pistage gĂ©nĂ©tique prouvant la prĂ©disposition ou risque accru d’un patient ou d’une patiente (eh oui le cancer du sein existe aussi chez les hommes) … et non Ă  la place du test gĂ©nĂ©tique (BRCA 1 et 2). Je rappelle que faire sĂ©quencer son gĂ©nome de sa propre initiative est interdit par la loi en France. On encourt amende et prison si on contrevient Ă  la loi bioĂ©thique …

Je m’ouvre de mes inquiĂ©tudes (retard de la France !) Ă  mon interlocuteur biologiste vivant et travaillant Ă  San Diego, et constate qu’il n’est guĂšre plus optimiste que moi…
"Je vous ai dit que ma copine, aprĂšs deux cancers du sein, un mĂ©lanome, n’avait pu avoir un rdv avec le gĂ©nĂ©ticien français que dans 12 mois? Pour un test gĂ©nĂ©tique de prĂ©dispositions et de risques. Je ne pense meme pas que cela inclut la pharmacogĂ©nomique (utilisation de donnĂ©es gĂ©nĂ©tiques personnelles pour adapter au mieux une chimiothĂ©rapie par exemple, ou prĂ©voir de maniĂšre individualisĂ©e, pour chaque patient, l’utilitĂ© et la nocivitĂ© Ă©ventuelle d’un mĂ©dicament donnĂ©). Elle a finalement Ă©tĂ© appelĂ©e rĂ©cemment du fait d’un dĂ©sistement d’une patiente, a eu sa prise de sang pour le test gĂ©nĂ©tique, et….on lui a promis les rĂ©sultats dans 12 mois. C’est la pure vĂ©ritĂ©.

12 mois pour un test qui prend moins de 48h. L’explication donnĂ©e : ils ont beaucoup de patientes avant elle ! On est un peu Ă  cotĂ© de la plaque en France. Essayons (…) de fournir aux patients des tests gĂ©nĂ©tiques en 24h (…). Euh, en fait, on verra ça en Chine ou aux US, bien avant que la France ait rattrapĂ© son retard."

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Suis Ă  la disposition d'Elise Lucet pour aider Ă  un Ă©ventuel reportage. 

Personnellement, je trouve ce document accablant ... "Sur 1.000 femmes de plus de 50 ans soumises Ă  une mammographie annuelle, 5 en tireront un rĂ©el bĂ©nĂ©fice tandis que 600 subiront un prĂ©judice, liĂ© Ă  un diagnostic que l’on peut qualifier de ‘faux positif’ : suspicion de cancer, qui s’avĂ©rera inexacte ou infondĂ©e, mais qui entraĂźnera pour la patiente biopsies Ă  rĂ©pĂ©tition, scans, radiations, intervention(s) chirurgicale(s), dĂ©gĂąts Ă©motionnels."

Il faut que les gens l'apprennent ...

Liens utiles (je les ajoute au fur et à mesure de mes échanges sur twitter) :

http://www.stsiweb.org/rock-star-doc-pioneering-medicine-future